Dalších devět milionů korun město uvolnilo pro realizace umělého travnatého povrchu třetí generace v areálu Na Stoupách. Dále už v květnu 2003 vedení klubu oznámilo, že po třech úspěšných ročnících v Jihlavě skončí asistent Josef Kolečko a že jeho místo obsadí klubový odchovanec Josef Vrzáček.

Stadion a hrací plocha se v létě konečně dočkaly druholigových parametrů. Investice obnášely zvětšení laviček náhradníků na 16 míst, osazení hlavní tribuny předpisovými sedadly a rozšíření travnaté plochy na požadovaný rozměr 115 krát 76 metrů. Ten zahrnuje bezpečnostní vzdálenost mezi reklamními panely a hrací plochou, která má výměru 105 krát 68 metrů.

Ligová sezona byla pro Vysočinu od počátku nevýrazná a svým způsobem bezstarostná. „Na domácí půdě mužstvo střídalo výhry s porážkami a venku za celý ročník vyhrálo pouze jednou, a to až ve 28. kole ve Vítkovicích. Tým do většiny zápasů nastupoval s nálepkou favorita, s níž se vždy nedokázal vyrovnat. Při velké vyrovnanosti soutěže bylo výsledkem 6. místo se ziskem 46 bodů. Tím bylo zároveň zopakováno dosud nejlepší druholigové umístění klubu," vzpomíná Fuks.

Že v sobě mančaft skrývá velký potenciál, potvrzoval především v zápasech Poháru ČMFS. Své pohárové tažení zakončili svěřenci kouče Netoličky až v semifinále na půdě Baníku Ostrava. „Není divu, že domácí pohár v ročníku 2003/04 druholigovou soutěž zastínil, a sezonu tak bylo možné překřtít na pohárovou. Odstartovala povinnými výhrami v Lipové a ve Ždírci, což na jihlavský stadion přivedlo Slavii Praha. Ta si však svým profesorským výkonem na nadšeně bojující Jihlavě vylámala zuby. Zápas rozhodl roh Večeři. Vysočina tak slavila historické vítězství a postup do osmifinále," uzavřel Fuks.