Toufar se vyučil truhlářem a na kněze byl vysvěcen až ve věku 38 let. Jako farář působil v letech 1940–1948 v dnes již neexistující obci Zahrádce nedaleko Ledče nad Sázavou, kde byl velmi populární, pak nastoupil do Číhošti.

Osudnou se mu stala událost z prosince 1949, kdy se při mši v místním katolickém kostele o třetí adventní neděli během kázání údajně několikrát pohnul kříž umístěný na hlavním oltáři. Dodnes neobjasněný úkaz se později údajně ještě opakoval.

Vládnoucí komunistická moc označila „zázrak" za podvod, který měl být součástí protistátního spiknutí katolické církve, a případ využila k útokům na církevní kruhy. Toufar byl zatčen a po krutém mučení nakonec 23. února podepsal protokol, v němž se přiznal, že pohyb kříže sám zinscenoval. Kněz zemřel dva dny nato, 25. února 1950, v nemocnici v Praze, kam jej převezli z valdického vězení. Podle jednoho z ošetřujících lékařů byl neobyčejně surovým způsobem utlučen k smrti.